Пароль меняется в следующем порядке, меняем в самом mysql, затем прописываем новые настройки в файлах:
/home/bitrix/www/bitrix/php_interface/dbconn.php – файл с настройками доступа для старого ядра /home/bitrix/www/bitrix/.settings.php – файл с настройками доступа для нового